박 전 총장은 이명박 정부 당시 청와대에서 교육문화수석으로 재임하며 권한을 남용했다는 혐의를 받고 있다. 검찰은 박 전 총장이 청와대에서 근무하던 당시 같이 근무했던 이모(61) 전 청와대 교육비서관을 통해 중앙대 서울캠퍼스와 안성캠퍼스의 통합과정에 개입한 것으로 보고 있다. 검찰은 당시 서울캠퍼스의 교지확보율이 통합에 필요한 기준치인 100%에 미달했으나 박 전 총장의 개입으로 결국 승인됐으며, 이 과정에서 토지매입비용 절감 등 중앙대가 얻은 경제적 효과가 최소 수 백억 원에 이를 것이라고 전했다. 이뿐만 아니라 박 전 총장이 국토해양부에 중앙대 간호학과와 적십자간호대간의 통폐합에 걸림돌이 되는 법률을 개정하도록 압력을 넣었다는 의혹도 일고 있으며, 박 전 총장의 딸이지난해 중앙대 예술대 교수로 채용된 과정에 대해서도 특혜가 있었던 것이 아니냐는 의문도 제기되고 있다.

검찰은 현재 교육부 관계자 등을 참고인 신분으로 조사하고 있으며, 조만간 박 전 수석을 소환조사할 예정이라고 밝혔다.